《“地根政治”：揭示农地制度新变革的真问题》，《北京日报》2013年8月19日。
吴帆、吴毅：《整风与人民公社化运动——以湖北大冶县矿山公社为例》，《开放时代》（B类期刊）2013年2期。
吴毅、陈颀：《说话”的可能性——对土改“诉苦”的再反思》，《社会学研究》（A类权威）2012年6期。
吴帆、吴毅、杨蓓：《意识形态与发展进路：农业合作化运动再反思》，《天津社会科学》（B类期刊）2012年1期。
杨蓓，吴毅：《人民公社：现代乌托邦的追求与受挫》，《华中科技大学学报》（社会科学版）2011年5期。
吴毅、吴帆：《结构化选择：中国农业合作化运动的再思考》、《开放时代》（B类期刊）2011年4期。
吴毅、吴帆：《传统的翻转与再翻转——新区土改中农民土地心态的建构与历史逻辑》，《开放时代》（B类期刊）2010年3期。
吴帆、吴毅：《历史社会学的发展与特征》，《华中科技大学学报》（社会科学版）2009年4期。
《理想抑或常态：农地配置探索的世纪之摆——理解20世纪中国农地制度变迁史的一个视角》，《社会学研究》（A类权威）2009年第3期。
吴毅等：Twenty Years of Rural Political Studies: The Rise and Fall of a Public Academic Movement，Chinese Sociology and Anthropology Fall 2008 Vol. 41 No. 01.（SSCI）。
吴毅等：The Path and Subject of Rural Governance Studies: A Response to Ying Xing's Critique，Chinese Sociology and Anthropology Fall 2008 Vol. 41 No. 01.（SSCI）。
《权威民主化：民主政治建设的重要经验》，《中国改革报》2008年11月17日。
《治道的变革——也谈中国乡村社会的政权建设》，《探索与争鸣》2008年第9期。
《从革命走向革命》，《中国图书评论》，2008年第5期。
《“权力–利益的结构之网”与农民群体性利益的表达困境——对一起石场纠纷案例的分析》，《社会学研究》（A类权威）2007年第5期。
《迎检的游戏——乡镇调查手记》，《读书》2007年第6期。
《何以个案 为何叙述——对经典农村研究方法质疑的质问》，《探索与争鸣》2007年第4期。
吴毅、李德瑞：《二十年农村政治研究的演进与转向——兼论一段公共学术运动的兴起与终结》，《开放时代》（B类期刊）2007年第2期。被《中国社会科学文摘》2007年第3期转载。
《局促的改革空间——一个学者眼中的乡镇机构改革》，《南风窗》2005年5月（上半月刊），该文为《南风窗》对吴毅的专访。
吴毅等：《村治研究的路径与主体——兼答应星先生的批评》，《开放时代》（B类权威）2005年4期。
《最后的征收》，《读书》2005年5期。
《农村政治研究：缘自何方，前路何在》，《开放时代》（B类权威）2005年2期。
《“诱民致富”与“政府致负”》，《读书》2005年1期。
《对农地征用中政府与农民争利现象的两点思考》，《上海行政干部管理学院学报》，2004年第4期。
《催收与拖欠》，《天涯》2004年5期。
《乡村的权力承包》，《天涯》2004年5期。
《法的正义抑或情的入理》，《天涯》2004年5期。
《不同语境下的乡村关系》，《探索与争鸣》，2004年9期。
《农地征用中基层政府的角色》，《读书》2004年7期。
《农民“种房”与弱者的反“制”》，《书城》，2004年5期。
《税费改革中乡村利益张力下的村级财务困境》，《华中师范大学学报》2004年4期。
杨震林、吴毅：《转型期中国农村公共品供给体制创新》，《中州学刊》2004年1期。
吴毅、杨震林：《道中“道”：一个村庄公共品供给案例的启示》，《江西社会科学》2004年1期。
《宗族权威的变异与经纪模式的消解》，《文史哲》2003年4期。
《从革命到后革命：一个村庄政治运动的历史轨迹》，《学习与探索》2003年2期。
《记述村庄的政治》，《读书》2003年3期。
《双重边缘化：村干部角色与行为的类型学分析》，《管理世界》（A类权威）2002年11期。
《村治变迁中的权威与秩序——20世纪川东双村的表达》，2002年华中师范大学博士学位论文，2003年湖北省优秀博士学位论文，2004年全国优秀博士学位论文。
《缺失治理资源的乡村权威与税费征收中的干群博弈》，《中国农村观察》2002年4期。
《公共空间》，《浙江学刊》，2002年2期。
吴毅、杨震林、王亚柯：《村民自治中“村委会自治”现象的制度经济学分析》，《学海》2002年1期。
徐勇、吴毅、贺雪峰等：《村治研究的共识与策略》，《浙江学刊》2002年1期。
《无政治村庄》，《浙江学刊》2002年1期。
《“双重角色”、“经纪模式”与“守夜人”和“撞钟者”》，《开放时代》（B类权威）2001年12期。
贺雪峰、吴毅、仝志辉：《村庄选举研究：眺望转型期乡村社会性质的窗口》，《江海学刊》2001年1期。
吴毅、贺雪峰：《村治研究论纲——对村治作为一种研究范式的尝试性揭示》，《华中师范大学学报》2000年3期。
《新规则是如何演绎的》，《中国社会科学季刊》（香港）1999年冬季卷（国际性的当代中国社会科学研究与评论中文期刊）。
吴淼、吴毅：《村民自治：理论资源和运作绩教》，《社会主义研究》1999年4期。
《制度与国家：来自新制度经济学的政治透视》，《天津社会科学》（B类权威）1999年3期。
《制度引入与精英主导：民主选举规则在村落场域的演绎》，《华中师范大学学报》1999年2期。
《村民自治的成长：国家进入与社区内生》，《政治学研究》（A类权威）1998年3期。
《村治中的政治人——对一个村庄村民公共参与和公共意识的分析》，《战略与管理》1998年1期。
《人民公社时期农村政治稳定形态及其效应》，《天津社会科学》（B类权威）1997年5期，《新华文摘》1997年12期全文转载。
《农村衰败与晚清现代化的受挫》，《天津社会科学》（B类权威）1996年3期。被《新华文摘》1996年5期部分转载。
《跨世纪的课题：中国农村改革、发展与稳定》，《社会主义研究》1996年1期。
《跨世纪的课题：中国农村的协调发展》，《社会科学报》1995年12月14日。
《社会政治取向与政治稳定关系的结构分析》，《政治与法律》1995年4期。
徐勇、吴毅：《地区发展非均衡性的政治影响分析》，《学习与探索》1994年3期。
《社会主义初级阶段经济政治环境对政治参与的影响与制约》，《重庆社会科学》1993年3期。
《试论我国政治参与的现状与制约因素》，《社会主义研究》1992年4期。
《科学社会主义理论与实践课教学探索》，《学位与研究生教育》1991年5期。
《发展我国城市的正确方针》，《城市开发》1991年5期。
《论城市发展的历史机会》，《城市科学》1991年3期。
《从日本的国策看其对华北的渗透》，《重庆史学》1989年2期。
出版专著：
《小镇喧嚣——一个乡镇政治运作的演绎与阐释》，生活·读书·新知三联书店、生活书店出版有限公司2018年版.
吴毅、吴克伟等：《转型中的治理——当代中国乡村社会变迁实证研究》，湖北人民出版社2009年版。
彭大鹏、吴毅：《单向度的农村——对转型期乡村社会性质的一项探索》，湖北人民出版社2008年版。
《小镇喧嚣——一个乡镇政治运作的演绎与阐释》，生活·读书·新知三联书店2007年版。
《记述村庄的政治》，湖北人民出版社2007年版。
《转型社会的乡村政治》，中国农业出版社2006年版。
吴毅、吴淼：《村民自治在乡土社会的遭遇——以白村为个案》，华中师范大学出版社2003年版。
徐勇、吴毅主编：《乡土中国的民主选举》，华中师范大学出版社2001年版。
参著：《中国农村村级治理》，华中师范大学出版社1999年版。
《村治变迁中的权威与秩序——20世纪川东双村的表达》，中国社会科学出版社2002年版，2006年第2次印刷。
张厚安、徐勇、项继权、吴毅、张劲松等：《中国农村政治稳定与发展》，武汉出版社1995年版。
参编《中华人民共和国知识辞典》，西南师范大学出版社1999年版。
“推进省级治理体系和治理能力现代化研究”，2014年度湖北省委托课题子项目。
“社会变迁与当代中国农地制度改革研究”，2014年华中科技大学自主创新基金专项任务项目。
“社会变迁视角下当代中国农地制度发展与改革研究”，2011年度国家社会科学基金重点项目。
“当代中国农地制度的演变与发展研究”，2011年度华中科技大学自主创新研究基金（人文社科）项目。
“20世纪以来中国农地制度变迁与发展的历史社会学分析”，2009年度华中科技大学自主创新研究基金资助项目。
“社会变迁视角下当代农村土地制度研究”，2009年度教育部人文社会科学研究一般项目。
“湖北税费改革后农村基层政府角色研究”，2008年度湖北省社会科学基金项目。
“政治人类学与农村研究”课程实践研究，华中科技大学研究生教改项目。
“转型期农村弱势群体生存状态的区域比较与治理对策研究”，福特基金项目子项目。
“转型期农村社会的发展、特性与治理研究”，2004年全国优秀博士论文作者专项资助基金项目。
“转型期农村社会的变化、特性及走向研究”，2002-2003年度教育部人文社会科学重点研究基地重大项目。
“乡村治理研究”，2000年度国际合作项目。
“农村税费改革及县、乡、村管理体制改革研究”，2001年度教育部人文社会科学重点研究基地重大项目子项目。
“现阶段我国农村村委会选举的基本情况、问题及对策研究”，2000年度教育部人文社会科学重点研究基地重大项目子项目。
“现阶段我国乡镇政治体制改革研究”，2002度年国家哲学社会科学基金项目。
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